针对新发突发传染病防控的需求,本项目在国家多个科技计划的支持下,历经十五年的探索，攻关,从解析病原体全基因组序列(已完成超过一千株人和动物病原体全序列的测定,获得各自的遗传标记)开始,到自主建立多种病原体基因和毒力因子等数据库,到高通量宏基因组病原体筛查策略和单个感染细胞/病原体的分离，富集和扩增等技术,再到大数据分析的软硬件系统，分析流程及质量控制系统等,自主创新结合集成创新,发展出一套全新的病原体组合筛查实用技术体系。利用该技术体系在国际上首次开展了对近万份蝙蝠和鼠类样本携带病原体的筛查研究(人类多种新发传染病的来源,其所携带病毒与已知病毒基因组的同源性大多低于60%),和上百例临床病例的应用研究,证实其具备了快速，灵敏，特异，准确等特点,可在72 小时内能够同时检测数千种/型已知和未知病原体,首次基本实现了可同时检测出样品中所有已知和未知病原体的目标。