杨波长期致力于抗肿瘤新靶点发现、药物作用机制研究及创新药物研发，坚持原始创新，构建了基于肿瘤关键蛋白稳态调控机制和抗肿瘤药物毒性干预等的原创药物靶点发现理论体系，还带领团队建立了国内领先、国际一流的创新药物研发体系，在助推生物医药产业发展中做出突出贡献。投身创新平台建设，创建浙江大学智能创新药物研究院，创新体制机制，打造集基础理论研究-靶点发现与确证研究-基于人工智能的新药发现关键技术-新药非临床研究等一体化的新药创制体系，为医药事业发展培养了大批创新型药学研究人才。